Οι σπουδές στις Α.Ε.Ν. περιλαμβάνουν 6 εξάμηνα θεωρητικής κατάρτισης και 2 εξάμηνα κατευθυνόμενης πρακτικής εκπαίδευσης επί πλοίου παρέχοντας σύγχρονες και εξειδικευμένες γνώσεις, με το σύστημα της εναλλασσόμενης εκπαίδευσης (Sandwich Courses) σύμφωνα με το οποίο η εκπαίδευση εναλλάσσεται μεταξύ σχολής και πλοίου.
ΚΕΝΤΡΑ ΕΠΙΜΟΡΦΩΣΗΣ ΣΤΕΛΕΧΩΝ ΕΜΠΟΡΙΚΟΥ ΝΑΥΤΙΚΟΥ:
Στους Αξιωματικούς του Εμπορικού Ναυτικού, μετά την αποφοίτηση τους από τις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού προσφέρονται μαθήματα μετεκπαίδευσης και ανανέωσης γνώσεων ενώ, επίσης, παρέχεται εκπαίδευση σε εξειδικευμένα θέματα για υπηρεσία επί ειδικού τύπου πλοίων (δεξαμενόπλοια- επιβατηγά, ασφάλεια) ώστε να είναι ικανοί να ακολουθήσουν τις εξειδικευμένες τεχνολογίες της εργασίας τους. Για το σκοπό αυτό λειτουργούν πέντε Κέντρα Επιμόρφωσης Στελεχών Εμπορικού Ναυτικού (ΚΕΣΕΝ), όπου οι Αξιωματικοί λαμβάνουν την απαιτούμενη κατάρτιση που είναι απαραίτητη για την εξέλιξη της καριέρας τους:
1- ΚΕΣΕΝ /Πλοιάρχων/Ρέντη (ΚΕΣΕΝ/Π)
(Φλέμινγκ 43 Αγ. Ιωάννης Ρέντης τ.κ 18233)
2- ΚΕΣΕΝ / Μηχανικών/Ρέντη (ΚΕΣΕΝ/Μ)
(Φλέμινγκ 43 Αγ. Ιωάννης Ρέντης τ.κ 18233)
3- ΚΕΣΕΝ /Πλοιάρχων/Μακεδονίας (ΚΕΣΕΝ/Π)
(Νέα Μηχανιώνα, τ.κ 57004)
4- ΚΕΣΕΝ /Μηχανικών/Μακεδονίας (ΚΕΣΕΝ/Μ)
(Νέα Μηχανιώνα, τ.κ 57004)
5- ΚΕΣΕΝ ΡΗ-ΡΕ (Ραδιοηλεκτρονικών - Ραδιοεπικοινωνιών)
(Παραλία Ασπροπύργου τ.κ 19300)
ΣΧΟΛΕΣ ΜΕΤΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗΣ & ΚΑΤΑΡΤΙΣΗΣ ΣΤΕΛΕΧΩΝ ΕΜΠΟΡΙΚΟΥ ΝΑΥΤΙΚΟΥ:
Επιπλέον, λειτουργούν δύο Σχολές Σωστικών και Πυροσβεστικών Μέσων (ΣΣΠΜ), όπου παρέχεται η βασική και προχωρημένη εκπαίδευση στα σωστικά και πυροσβεστικά μέσα των πλοίων προς τους ναυτικούς όλων των βαθμίδων:
1- ΔΣΕΝ / ΣΠΜ / Ασπροπύργου (Δημόσια Σχολή Εμπορικού Ναυτικού Σωστικών & Πυροσβεστικών Μέσων Ασπροπύργου)
(Παραλία Ασπροπύργου, τ.κ. 19300)
2- ΔΣΕΝ / ΣΠΜ / Μακεδονίας (Δημόσια Σχολή Εμπορικού Ναυτικού - Σωστικών & Πυροσβεστικών Μέσων Μακεδονίας)
(Νέα Μηχανιώνα, τ.κ. 57004)
- Με το άρθρο 137 του ν. 4504/2017 (Α’ 184) έχει ιδρυθεί η Δημόσια Σχολή Εμπορικού Ναυτικού Σωστικών και Πυροσβεστικών Μέσων Οινουσσών και οι σχετικές διαδικασίες για την έναρξη λειτουργία της βρίσκονται σε εξέλιξη.
Tέλος, λειτουργεί και η Δημόσια Σχολή Εμπορικού Ναυτικού Μετεκπαίδευσης Θαλαμηπόλων. (Φλέμινγκ 43, Αγ. Ιωάννης Ρέντης, τ.κ 18233)